번뜩이는 사업상 아이템을 가지고 회사를 운영하고 발전시키기 위해서는 연구개발(R&D)에 많은 투자와 노력을 기울이는 것이 필요하다. 하지만 스타트업(start-up)으로서 신생기업 또는 중소기업의 경우 자체적으로 연구개발에 필요한 자금을 조달하는 데에 많은 애로가 있는 것이 현실이다.  

이러한 스타트업 또는 소규모 연구기관의 기술 개발에 도움을 줌과 동시에 기업의 자생 및 산업 발전을 도모하기 위한 목적으로 정부부처 차원에서 다양한 경로로 재원을 마련하여 연구개발 사업을 지원하는 제도가 바로 국가연구개발사업이다. 현재 국가연구개발사업의 대표적인 주무부처로 과학기술정보통신부, 교육부, 중소기업기술정보진흥원 등이 있다. 

이러한 연구비 또는 사업비 지원은 세금으로 이루어지는 것이기 때문에, 관련 법률에 따라 엄격한 통제를 받고 있으며, 법 위반 시 엄정한 제재가 뒤따른다. 과학기술기본법, 학술진흥법, 중소기업기술혁신촉진법 등 관련 법령은 모두 사업 참여제한 및 사업비 환수 등의 제재조치에 대한 규정을 두고 있다.  

이러한 제재조치가 내려지고 있는 대표적인 사유는 연구개발 결과의 실패 또는 불량, 연구개발비 용도 외 사용, 연구비 과다 청구 등이 있다. 

문제는 이러한 제재조치 처분이 내려지는 과정에서 형식적인 평가로 인해 불합리한 결과가 발생하는 경우가 종종 발견된다는 점이다. 

정부부처에 근무한 경력을 바탕으로 다수의 행정소송을 수행하고 있으며 현재 산업통상자원부 고문변호사로도 활동하고 있는 법무법인 태림 행정∙조세그룹의 신상민 변호사는 "국가연구개발사업의 제재조치는 통상 처분청 내에서 별도로 구성되는 제재조치 평가단의 판정에 따라 이루어지고 있는데, 제재조치 평가단이 해당 사업 분야의 전문가로 구성되기는 하나, 사업의 특수성이나 난이도에 따라 정치한 평가 결과가 도출되지 못하는 경우가 있다."면서 "그러한 경우 제재조치 처분에 대해 신속히 처분취소의 본안소송, 집행정지 신청 등을 제기할 필요가 있다. 특히 참여제한 처분은 최대 5년까지 정부지원 사업에 발을 들여놓지 못하는 효력을 갖는 것으로서 스타트업으로서는 생존에 직격탄을 맞게 된다"고 말했다.  

이러한 제재조치 처분이 내려지기에 앞서 통상적으로 피처분 기업에게 이의신청 기회가 부여되고 있다. 그런데 대부분의 기업들은 '막연히 선처를 구하면 되겠지' 하는 생각에 이의신청서를 작성하는 데 주의를 기울이지 않고 있으나, 잘못 작성된 이의신청서는 종국 처분 이후의 행정소송 등 구제절차에서 치명적으로 불리하게 작용될 수 있다.  

법무부에서 직접 국가∙행정소송을 수행하고 고등검찰청에서 소송 관리 업무를 담당한 경력이 있는 법무법인 태림 행정∙조세그룹의 조건명 변호사는 "이의신청서 작성 단계가 사실상 법적 구제절차의 시작이라고 보아야 한다. 그럼에도 이의신청서에서 오히려 자신에게 불리한 주장을 기재하는 등 잘못된 이의신청 절차를 거친 후에야 비로소 변호사를 찾아오는 경우가 적지 않다."며 "소송 단계 이전의 이의신청 단계에서부터 법률전문가의 도움을 받아 법리적인 이의신청서를 작성한다면, 제재조치에 대해 보다 신속한 권리구제를 받을 수 있다"고 강조했다. 

법무법인 태림 행정∙조세그룹은 국가연구개발사업의 제재조치 처분에 대한 이의신청, 집행정지, 취소소송 등 쟁송절차에서 관련 자문 및 컨설팅 업무에 이르기까지 단계별 맞춤형 법률서비스를 제공하고 있다.